Saat ini, SD Islam NU Pungkuran menggunakan Kurikulum Merdeka sebagai kurikulum utama, menggantikan Kurikulum 2013 secara bertahap. Kurikulum Merdeka menekankan pembelajaran yang lebih fleksibel, berpusat pada murid, dan mendorong penguatan karakter melalui profil pelajar Pancasila. Kurikulum ini memberi kebebasan kepada guru untuk menyusun materi sesuai kebutuhan dan kemampuan siswa, serta mendorong kegiatan proyek sebagai bagian dari pembelajaran lintas disiplin. Dengan pendekatan ini, siswa diharapkan lebih aktif, kreatif, dan mampu berpikir kritis sejak dini.